С началом Великой отечественной войны Грабарь был эвакуирован в Нальчик, в Тбилиси, затем в Самарканд, где уже в декабре 1942 года становится директором находившейся там Всероссийской Академии художеств и Ленинградского Института живописи, скульптуры и архитектуры.
Мастер учил своих студентов азбуке рисования и живописи, техники и ремесла, и прежде всего — строгой дисциплине труда. Он приучал молодое поколение изучать шедевры старых мастеров по коллекциям музеев и хорошим фотографиям. И считал в разрез с официальным мнением, что понятие традиций не должно ограничиваться каким-то одним периодом и должно включать как классическое мировое наследие, так и достижения нового и новейшего искусства.