Алексей Петрович Макаров родился в крестьянской семье в Тверской губернии. Рано лишился матери, воспитывался бабушкой по отцу, а в 15 лет его забирает в Москву дядя по матери и занимается воспитанием и образованием подростка. В январе 1915 года Алексей оканчивает Московскую военно-фельдшерскую школу и направляется в действующую армию. До мобилизации он служит в должности классного медицинского фельдшера 83 пехотного Самурского полка. В 1918 году желая продолжить учебу, поступает на медицинский факультет Московского государственного университета. Но из-за тяжелых материальных условий Алексей Петрович вынужден оставить университет и поступить на работу. Макаров получает направление в Старицкую уездную народную больницу (Тверская губерния), где свирепствует эпидемия сыпного тифа. Через год судьба улыбнулась фельдшеру Макарову. Набирали студентов медиков во второй медицинский. По окончании медицинского факультета Алексей Петрович уезжает на работу в Архангельск. Именно из Архангельска Макарова направляют на специализацию по педиатрии, видимо требовались детские специалисты, или кто-то заметил удивительное качество молодого доктора — неимоверно быстро устанавливать контакт с детьми.
В 1929 году Алексей Петрович выезжает в Ессентуки, по состоянию здоровья жены. По конкурсу был зачислен врачом ессентукской раймедчасти. «До войны вся моя врачебная деятельность протекала почти исключительно в области охраны здоровья детского населения», — так писал в своей автобиографии Алексей Петрович.
В первый же день Великой Отечественной войны был мобилизован и отправлен на западный фронт, в Белоруссию. Под Кричевом в составе 490 ГАП попал в окружение, а затем пленен. Кричевский лагерь смерти — особая страница в судьбе доктора Макарова. Стояла первая военная осень. Лагерь размещался на территории большого цементного завода. Условия были ужасными, надвигалась зима, а больше половины пленных находилось под открытым небом. От голода, холода и вспыхнувшей эпидемии сыпного тифа здесь каждый день гибли сотни людей. Надежды остаться в живых не было. В лагере действовала подпольная группа, куда входил и доктор Макаров. Батальонный врач, оказавшийся в плену, он и в этих невыносимых условиях старался сохранить бодрость духа у своих истерзанных пациентов. Алексей Петрович стал одним из организаторов лагерной больницы. Правда, размещалась она в холодном, не отапливаемом бараке с выбитыми стеклами, земляным полом. Не хватало медикаментов, перевязочного материала. Но Алексей Петрович как будто не замечал трудностей. Он был удивительным оптимистом. Казалось, что тяготы лагерной жизни только закаляют его характер и волю. Все, что удавалось достать в скудной лагерной кухне: крохотные пайки хлеба, мерзлый картофель, щепотку соли — Алексей Петрович спешил отнести в больничный барак. Но кроме этого он приносил самое главное, свежие вести с фронтов, рассказывал о стойкости нашей армии, героизме советских солдат. Конечно, он рисковал, но еще он видел, как загорались надеждой глаза и как нужны им были эти слова. Вскоре вместе с группой пленных Алексей Петрович бежит из лагеря в партизанский отряд.
Вспоминая об этих днях, бывший командир партизанской бригады № 600 Георгий Флорович Медников писал: