Сведения о первом храме в честь Апостолов Петра и Павла в городе Белозерске относятся к XVI веку. В это время церковь принадлежала Петропавловскому женскому монастырю, который во второй половине XVI века стал мужским. После польско-литовского разорения города в 1612 году монастырь закрыли, в келейных долгое время жили нищие. Позже, в 1620 году, бывшие монастырские церкви — Петра и Павла и Иоанна Златоуста — передали под приходские.
Каменное здание храма появилось в 1770 году на месте двух обветшавших деревянных церквей.
К высокой центральной части храма с запада примыкала низкая трапезная с простой двускатной крышей, а с востока — пятигранный выступ, в котором находился алтарь. Основную часть храма венчала куполообразная кровля с 5 небольшими главками. Трехъярусную колокольню завершала высокая кровля сложной формы с длинным шпилем. Звонница находилась на третьем восьмигранном ярусе, а во втором ярусе была устроена маленькая церковь, выступ ее алтаря, посвященного святым врачам-бессребреникам Косме и Дамиану, располагался над трапезной.
Углы храма украшали плоские выступы — пилястры. Под кровлей проходил тройной карниз с поребриком. Окна были окаймлены фигурными нарядными наличниками.
Каменное здание храма появилось в 1770 году на месте двух обветшавших деревянных церквей.
К высокой центральной части храма с запада примыкала низкая трапезная с простой двускатной крышей, а с востока — пятигранный выступ, в котором находился алтарь. Основную часть храма венчала куполообразная кровля с 5 небольшими главками. Трехъярусную колокольню завершала высокая кровля сложной формы с длинным шпилем. Звонница находилась на третьем восьмигранном ярусе, а во втором ярусе была устроена маленькая церковь, выступ ее алтаря, посвященного святым врачам-бессребреникам Косме и Дамиану, располагался над трапезной.
Углы храма украшали плоские выступы — пилястры. Под кровлей проходил тройной карниз с поребриком. Окна были окаймлены фигурными нарядными наличниками.
В конце XIX в городе Белозерске насчитывалось 17 храмов. В начале XX века в Белозерске побывал русский фотограф и изобретатель Сергей Прокудин-Горский. Он запечатлел почти все храмы этого города, в том числе Петропавловскую церковь.
В советское время храм закрыли. Верхние ярусы колокольни разобрали. В северной и южной стенах первоначальной трапезной растесали широкие арочные проемы. В главном пространстве храма установили перекрытия, соорудив ещё два этажа. Характер интерьера был полностью изменен, отделка — утрачена. В 2010 году проводили реставрацию памятника: укрепили бутовую кладку фундаментов, стены покрыли защитой от влаги, отремонтировали крышу и стены, облицевали крыльцо, однако полностью вернуть храму первоначальным вид не удалось. В здании бывшей церкви находился Музей истории края. В 2016 году церковь была передана Череповецкой епархии, создан приход.
В советское время храм закрыли. Верхние ярусы колокольни разобрали. В северной и южной стенах первоначальной трапезной растесали широкие арочные проемы. В главном пространстве храма установили перекрытия, соорудив ещё два этажа. Характер интерьера был полностью изменен, отделка — утрачена. В 2010 году проводили реставрацию памятника: укрепили бутовую кладку фундаментов, стены покрыли защитой от влаги, отремонтировали крышу и стены, облицевали крыльцо, однако полностью вернуть храму первоначальным вид не удалось. В здании бывшей церкви находился Музей истории края. В 2016 году церковь была передана Череповецкой епархии, создан приход.
