Храм с главным престолом, освященным во имя Василия Великого, появился в городе Белоозеро предположительно в X–XI веках. До тех пор, пока не был выстроен каменный собор Василия Великого, сменился целый ряд деревянных церковных зданий. Так, по сведениям, зафиксированным в Дозорной книге города Белоозера 1617-18 года, в это время собор был деревянный с приделами во имя Николая Чудотворца и Георгия страстотерпца Христова и колокольней. Колокола описаны так: «13 пуд без четверти весу, колокол 5 пуд, да 2 колокола в обеих полтретя пуда, 8 пуд меди». Храм Василия Кесарийского был «ружным», то есть его священнослужители получали «ругу» — содержание от государственной казны. Служили в соборе протоиерей Михаил, иереи Василиск, дьяконы Денис и Иосиф. В Переписной книге церквей и причта (так называли церковнослужителей) Белозерского уезда и Чарондской округи, датируемой концом XVII века, отмечается, что в Белозерской крепости была «церков соборная Вселенскаго учителя Василия Великого, в приделах великомученика Георгия да святого Николая Чудотворца», там же были перечислены все церковнослужители и их дети.
Строительство каменного храма Василия Великого на месте сгоревшего деревянного началось по грамоте епископа Вологодского и Белозерского Амвросия, данной 4 июля 1736 года.
В 1785 году к собору Василия Великого был пристроен придел Николая Чудотворца, примкнувший к колокольне.
Этнограф Петр Челищев, побывавший в Белозерске в 1791 году, отмечал, что внутри крепостных валов находились «две казеннаго построения каменных церкви: 1-я для летней службы холодная — Преображению Господню; 2-я для зимней службы теплая — Василию Великому и Николаю Чудотворцу».
В другом описании Белозерска, оставленном примерно в это же время, в числе строений крепости также указаны две соборные каменные церкви, из которых «одна, большая, — во имя Преображения Господня, а другая — во имя Василия Великого, с немалою колокольнею». Рядом с ним находился архиерейский дом и семинария.
Собор Василия Великого в советское время не был признан памятником истории и культуры. Это привело к тому, что в 1960-е годы в связи с планами строительства в северо-западной части кремля школьного здания, которое ныне занято детским садом, были разрушены и сам собор, и его колокольня. В 2014 году на месте разрушенного храма Василия Великого был поставлен поклонный крест.
Строительство каменного храма Василия Великого на месте сгоревшего деревянного началось по грамоте епископа Вологодского и Белозерского Амвросия, данной 4 июля 1736 года.
В 1785 году к собору Василия Великого был пристроен придел Николая Чудотворца, примкнувший к колокольне.
Этнограф Петр Челищев, побывавший в Белозерске в 1791 году, отмечал, что внутри крепостных валов находились «две казеннаго построения каменных церкви: 1-я для летней службы холодная — Преображению Господню; 2-я для зимней службы теплая — Василию Великому и Николаю Чудотворцу».
В другом описании Белозерска, оставленном примерно в это же время, в числе строений крепости также указаны две соборные каменные церкви, из которых «одна, большая, — во имя Преображения Господня, а другая — во имя Василия Великого, с немалою колокольнею». Рядом с ним находился архиерейский дом и семинария.
Собор Василия Великого в советское время не был признан памятником истории и культуры. Это привело к тому, что в 1960-е годы в связи с планами строительства в северо-западной части кремля школьного здания, которое ныне занято детским садом, были разрушены и сам собор, и его колокольня. В 2014 году на месте разрушенного храма Василия Великого был поставлен поклонный крест.