Роман «Ватага» относится к революционным «алтайским текстам», которые характеризуются картиной всеобщего хаоса, приближением конца света.

Главный герой Степан Зыков — чудо-богатырь Земли русской, который подчиняется только собственному кодексу чести. А он, в свою очередь, существенно расходится с общепринятыми правилами и приводит к трагедии персонажа.

Главное отличие «Ватаги» от других произведений сибирской литературы — реальное историческое событие гражданской войны — взятие и разграбление Кузнецка партизаном Роговым в декабре 1919 г.

Сюжет романа оказался весьма рискованным прежде всего с политической точки зрения. Опасность «Ватаги» усугубляется тем, что написанная повесть читается с большим захватом. Шишков, по его выражению, исследовал «психологию масс, лишенных руководства». Современные исследователи декодируют этот роман как антихристианский.