Вместе с братьями Агостино и Лодовико он образовал «Академию вступивших на правильный путь». Ее целью было научить будущих художников ориентироваться в своем творчестве на шедевры античности и Возрождения, а также наблюдать за природой, изучать окружающий мир и писать с натуры.

 
Со времен Академии Карраччи рисунок превратился в базовый элемент в создании любого произведения изобразительного искусства. Принципы обучения в этой частной школе стали основополагающими для художественных академий всей Европы на протяжении последующих столетий.

 
Достоинства живописных работ Аннибале Карраччи состоят в тщательно выверенной композиции, в верно рассчитанном размещении фигур и в свежести колорита. Однако критики отмечают также отсутствие в его полотнах настоящего вдохновения. К тому же Карраччи прослыл подражателем и эклектиком, сочетая в своих картинах зачатки едва ли не всех стилей классической живописи.

 
Карраччи писал в основном работы мифологического, аллегорического и духовного содержания. В его «Святом семействе» фигуры Девы Марии, Иисуса и Иоанна образуют пирамиду, вершиной которой выступает лик Божьей Матери. Эту геометрическую тенденцию в композициях полотен, на которых фигурируют Мадонна с Младенцем, ввел Рафаэль, и она стала образцом для живописцев. Копирует пирамидальную схему композиции и Карраччи.

 
Одежды Марии выполнены в цветах, ставших каноническими в живописи — голубом и розовом. Она наклонилась к корзине, служащей колыбелью младенцу. Справа в глубине — фигура Иосифа, который стоит, читая Евангелие. Художник подчеркивает его отстраненность и расстоянием от главных персонажей, и позой, подобной пристенной скульптуре. На заднем фоне — нежный по колористике пейзаж.

 
Эта трехплановая схема, выработанная Карраччи, стала основой для сюжетной живописи академической школы: на первом плане — главные герои в ярких одеяниях; на втором — второстепенные фигуры, темнее или бледнее. За ними — театральная кулиса, отделяющая сцену от пейзажа — третьего обязательного элемента, еще более далекого от главного действия.

 
Карраччи занимался не только станковой живописью: его творческое наследие включает также большое количество гравюр, рисунков и карикатур на современников. Несмотря на всеобщее признание, Аннибале Карраччи умер в возрасте 49 лет в нищете и был похоронен в соответствии с его предсмертной просьбой в Пантеоне, рядом с Рафаэлем.