Каменный храм не проработал и ста лет — его закрыли в 1930 году при советской власти. Во время войны церковный подвал использовался как бомбоубежище. Согласно документам 1962 г., здание храма использовалось как складское помещение — в нём хранилась бумага, а в подвале находился склад горпродторга. В 1993 г. храм был передан Вознесенскому собору Ельца, силами причта которого и начались реставрационные работы — восстановлены 4 главки на храмовой части, на всех главах устроена кровля, поштукатурен и побелён главный барабан. В самом храме был отслужен первый молебен. Но на полномасштабные реставрационные работы пока не хватает средств, и окончательное восстановление одного из самых интересных архитектурных памятников Ельца — храма Архистратига Михаила — ещё впереди.