Первую городскую церковь жгли, грабили, делали в ней музей и хлебозавод. В советское время храм прошел через период осквернения и запустения. Его драматичная история получила новый импульс уже в наши дни, когда собор подняли из руин.

Небольшую деревянную церковку казаки срубили в традиционном северорусском шатровом стиле. Ее схематичное изображения есть на карте конца 17-го века. Кстати, архивные записи говорят о том, что Преображенская церковь, хоть и невеликих размеров, в первый деревянный острог не помещалась. Поэтому построили ее за пределами главных стен, обнесли отдельной оградой и, по сути, превратили в самостоятельное укрепление.

После пожара 1734 года (тогда сгорела большая часть деревянных строений острога) на старом фундаменте был возведён новый храм, как в сказке — «краше прежнего». А в 1792 году рядом с ветхим храмом появляется долгострой: каменный Спасо-Преображенский собор строят «40 лет и три года» — опять как в сказке. Кирпичное здание в классическом стиле получилось мощным: толщина внешних стен — около метра. Строительство дорогое, но полностью ведётся на пожертвования: «тщанием горожан и доброхотных дателей». Вплоть до советских времен собор оставался самым высоким строением не только Кузнецка, но и всего Кузбасса.

«Кровавый декабрь» 1919 года стал роковым в истории храма. Его территория становится местом массовых убийств. Собор грабят и поджигают. Православная община делает робкие попытки восстановить святыню, но безуспешно. К 1935 году храм полностью закрывают. Впрочем, добротное здание пустует недолго: уже в 1937 году в соборе планируют организовать музей, потом — школу рабочей молодежи, она гораздо актуальнее для растущего города. В 1940 году завезено оборудование для хлебозавода. Церковные купола срезали, но всё же, если судить по старым фотографиям, внешне это был очень красивый хлебозавод. Он просуществовал в этих стенах больше полутора десятилетий. 

1980-е собор встречает в виде руин, в которых сложно угадать очертания былого великолепия. И лишь перед самым распадом СССР историческое здание возвращают православной общине. Восстановление святыни взвалил на свои плечи легендарный для Новокузнецка человек — отец Александр Пивоваров. Он без устали ищет помощников, дарителей, самоотверженных строителей, готовых работать бесплатно. Хлопочет о росписи иконостаса, куполах, звоннице. Деньги жертвуют неохотно: страна переживает сложнейший период. Индустриальный Новокузнецк чувствует это сполна: он поражен сильнейшим промышленным кризисом. История повторяется: снова долгострой, и снова собор возрождается «тщанием горожан», правда в новом времени «доброхотодателей» называют спонсорами.

Реставрационные работы полностью завершены лишь в 2004 году. С тех пор в Новокузнецке появились храмы выше, красивее, но только собор прошел с городом через четыре века его истории.