В 1938 году по рекомендации наркома НКВД Коми АССР Михаила Ивановича Журавлёва Николай Иванович Кузнецов был принят на особо засекреченную работу и стал специальным агентом, подчинявшимся непосредственно руководству советской контрразведки. В этот период он начал осваивать тонкую и опасную профессию разведчика. Опытные кадровые работники передавали ему навыки конспирации, методы работы с агентурой, учили вести донесения и оставаться незаметным.
Главным козырем Кузнецова было блестящее владение немецким языком — к тому времени он говорил на нем практически как носитель. Знания он впитывал с необычайной легкостью, учился жадно, с настоящим увлечением. При этом он отличался серьезностью, сдержанностью в оценках и поразительной объективностью в своих отчетах.
Но кроме выдающихся лингвистических способностей у Кузнецова было еще одно редкое качество — умение вызывать доверие. Он умел слушать так, что собеседник сам, почти незаметно для себя, раскрывался, делился самым сокровенным. При этом Николай Иванович никогда не давил, не расспрашивал напрямую — он просто создавал атмосферу, в которой человек чувствовал себя услышанным.
В те годы сотрудники контрразведки вели напряженную оперативную деятельность, стремясь проникнуть в зарубежные посольства, действовавшие в Москве. Особое внимание уделялось немецким и словацким дипломатам — многие из них так или иначе были связаны с германской разведкой. Чекисты прекрасно понимали: война становилась все ближе.
К началу Великой Отечественной войны Кузнецов выполнил несколько сложных и важных заданий. Он получил оперативный псевдоним «Колонист», а также паспорт на имя Рудольфа Вильгельмовича Шмидта, этнического немца. Под этой легендой он действовал в Москве, где контактировал с сотрудниками бывших германского и словацкого посольств, а также участвовал в операциях по перехвату немецкой дипломатической почты.
О его деятельности в Москве сохранились свидетельства в документах. В своей книге «Легенда советской разведки — Н. Кузнецов» Теодор Кириллович Гладков приводит выписку из личного дела Кузнецова:
