Во второй половине 1880-х гг., уже работая в Московском университете и активно сотрудничая в нескольких научных обществах, Н.Л. Гондатти увлекся шелководством. В январе 1885 г. он стал действительным членом комитета шелководства Московского общества сельского хозяйства, а уже на следующий год — секретарем комитета, оставаясь на этом посту вплоть до своего отъезда на Дальний Восток в 1893 г.

В 1886 году он по поручению комитета поехал на юг России, чтобы в немецких поселениях Таврической губернии ознакомиться с состоянием и нуждами местного шелководства. Вернувшись в Москву, Николай Львович организовал в Московском университете факультативный курс по шелководству, который сам и читал.

Возглавив Приамурское генерал-губернаторство, Н.Л. Гондатти в качестве одной из мер по развитию и поддержке местного сельского хозяйства закупил кладки яиц тутового шелкопряда, которые распространил среди населения на юге Приморской области.

Естественно, что длительный интерес к шелководству нашел отражение и в личной библиотеке Николая Львовича. Среди его книг были и издания по шелководству. В коллекции сохранились два из них, и одно — это труд «Болезни шелковичного червя (bombyx mori l.) и средства борьбы с ними». Его автор — Николай Николаевич Шавров — считается организатором шелководства в России.