Барон Михаил Константинович фон Клодт-Юргенсбург родился в семье, как принято говорить, «богатой талантами».
Его отец, генерал-майор артиллерии, был первым русским гравером по дереву, дядя — знаменитым скульптором, двоюродный брат — живописцем. Естественно, что мальчик рано почувствовал тягу к искусству, но по существующей в семье традиции вначале был определен в Горный кадетский корпус, в котором, правда, давали и уроки рисования.
С 1851 года Михаил Клодт учился в Академии художеств у прославленного пейзажиста Максима Воробьева.