Учреждение начало свою деятельность в 1931 году. В 1935 году была создана Московская проектно-изыскательская контора (Мостранспроект), которая в 1951 году преобразовалась в Московский государственный проектно-изыскательский институт транспортного строительства (Мосгипротранс), получивший в результате приватизации в 1993 году статус Открытого акционерного общества, а в 2017 — статус Акционерного общества.

На сегодняшний день Мосгипротранс — один из крупнейших в России институтов, специализирующийся на различных видах изысканий и проектировании транспортных объектов.

Специалисты института разрабатывают комплексные проекты строительства железных и автомобильных дорог, железнодорожных станций и узлов, вокзалов, объектов вагонного и локомотивного хозяйства, гражданских, производственных и коммунальных зданий, устройств связи, водоснабжения, электро- и энергоснабжения; выполняют проекты гидромеханизированных и буровзрывных работ, охраны окружающей среды.