К сентябрю 1941 года артисты, сумевшие прорваться в Ленинград (часть труппы с тяжелыми потерями выбиралась с островов Моонзундского архипелага), разместились сначала в школе на Большом проспекте, а затем централизованно переместились в Дом культуры Промкооперации (современный Дворец культуры имени Ленсовета) на Каменноостровском проспекте.

Но с началом 8 сентября 1941 года блокады Ленинграда, продлившейся 872 дня, у театра началась другая жизнь. Работа артистов перестала быть исключительно творческой деятельностью, но и стала психологической поддержкой военных и гражданского населения. Все 900 дней блокады коллектив театра Краснознамённого Балтийского флота мужественно вынес вместе с защитниками города.