После войны Николай Семёнович Симаков работал в конторе Главснаба Министерства сельхозмашиностроения. Проходил фильтрационно-проверочные мероприятия в Управлении Министерства государственной безопасности (УМГБ) по Новосибирской области как военнослужащий, находившийся в плену.

В июле 1948 года Николай Семёнович был арестован: ему инкриминировали руководство антисоветской организацией. Следователи долгое время не могли поверить, что в лагере смерти могло быть антифашистское подполье. Год он отсидел в Новосибирске, затем ещё год в Москве. Освобождение наступило в июле 1950 года: Н.С. Симаков не подписал ложное обвинение, и его освободили за недостатком улик.

После освобождения он работал в отделе оборудования Главснаба Министерства машиностроения. В 1955 году был назначен начальником оперативного отдела конторы Главснаба Минавтопрома. С ноября 1957 года перешёл в Совнархоз, на должность старшего инженера отдела техники и общезаводского оборудования управления материально-технического снабжения Западно-Сибирского района.

В 1958 году на открытии мемориала «Бухенвальд» Николай Семёнович Симаков выступал как руководитель русского подпольного штаба. В том же году он был награждён орденом Славы III степени, затем – медалью ГДР «За борьбу против фашизма».

Умер Н.С. Симаков 11 февраля 1969 года.