С первых дней войны был введен особый график движения поездов — литер «А». Он предусматривал проезд в первую очередь воинских эшелонов и особенно грузов, связанных с развертыванием советских Вооруженных сил. Эта схема строилась с учетом максимальной пропускной способности участков и согласованной работы станций.

 
В соответствии с новым графиком все военные поезда — грузовые и пассажирские — должны были следовать с одинаковой скоростью и иметь одинаковый вес, что облегчало формирование и продвижение составов и обеспечивало минимальные простои на остановках. Многие пассажирские вагоны были переоборудованы в санитарные — для перевозки раненых.

 
Значительные силы железнодорожного транспорта были брошены на проведение эвакуации. Правительство учредило специальный совет, отвечавший за вывоз мирного населения и промышленных предприятий. Для ускорения продвижения эшелонов с людьми и эвакогрузами на основные станции, через которые проходили главные потоки поездов, были направлены ответственные партийные и транспортные работники, которые обладали широкими полномочиями. Наркомат путей сообщения установил точную схему продвижения эвакуационных эшелонов. При крупных железнодорожных узлах и пристанях были организованы пункты питания.

Произошли изменения и в пассажирском сообщении. В марте 1942 года вышло постановление Государственного комитета обороны об ограничении передвижения граждан по железным дорогам в условиях военного времени. Чтобы использование железнодорожного транспорта было более рациональным, вводились следующие меры: проезд был возможен только при наличии у пассажиров командировочного удостоверения или специального пропуска, выданного органами милиции.

 
Пропуск на проезд можно было получить в ряде следующих случаев: если человек возвращался к месту постоянного жительства из командировки или эвакуации, отправлялся на работы, следовал куда-либо для поступления в учебное заведение. Также уважительным поводом для выдачи пропуска служила болезнь или смерть близкого родственника.