С самого создания Владивосток естественным образом стал служить не только военным, но и торговым портом Дальнего Востока. Первые десятилетия существования его проходимость была невелика: от 1–2 иностранных торговых судов в год в 1860-х гг. до 92 — в 1889 г.

Ситуация изменилась с началом постройки Уссурийской железной дороги, которая должна была стать последним участком магистрали, соединяющей Москву и Владивосток. Железная дорога усиливала торгово-экономическую роль Владивостока, так что устройство коммерческого порта стало насущной необходимостью.

В конце концов решение было принято в пользу Золотого Рога. 10 мая 1896 г. Николай II подписал «Положение о строительстве порта», в котором говорилось: «Коммерческий порт строить в бухте Золотой Рог от места, занимаемого базарной площадью, к югу, к мысу Эгершельда, с сохранением за Добровольным флотом его береговой полосы». Повлияло не только удобство бухты и ее расположение за крепостными укреплениями, но и существенно меньшая стоимость работ.

Правительство выделило деньги, и начались изыскания и параллельно — строительство. Для руководства работами был создан Временный комитет по заведыванию Владивостокским коммерческим портом, который возглавил военный губернатор Приморской области П.Ф. Унтербергер (в 1897 г. его сменил Д.И. Субботич).

Осенью 1897 г. состоялась закладка бетонных массивов для устройства причалов, а к концу 1898 г. был возведен каменный пакгауз, построены административные и жилые дома, железнодорожные пути к причалам и складам, проложены и замощены дороги. Завершилось строительство в 1899 г., и новый коммерческий порт со всеми постройками и транспортными средствами отошел в ведение Министерства внутренних дел.

С появлением современного гражданского порта морская торговля во Владивостоке значительно оживилась: в 1897 г. в коммерческий порт зашло 246 судов, а в 1900 г. — уже 436. Грузооборот за это время тоже увеличился — больше чем в два раза. В последующие годы порт только рос и расширялся. В 1913 г. в нем имелось уже 14 причалов, пакгаузы и навесы площадью 33.500 кв. м, два плавучих крана.

В Первую мировую войну, когда Черное и Азовское моря были заблокированы противником, Владивосток, наряду с Архангельском, стал основным портом, способным принимать импортные грузы — поставки от государств-союзников (в частности — из США).