В феврале 1768 года Казаков был принят в Экспедицию Кремлевского строения, созданную для осуществления проекта обновления Кремля. На всех этапах проектных и строительных работ он был первым помощником автора этого грандиозного замысла — архитектора В. И. Баженова. Руке Казакова принадлежали многие чистовые чертежи фасадов и планов построек. Чертеж Большого Кремлёвского дворца является одним из самых ранних сохранившихся чертежей в творчестве архитектора. М. Ф. Казаковым была выполнена копия с чертежа В. И. Баженова, о чем свидетельствует частично сохранившаяся подпись Казакова.

Проект Большого Кремлевского дворца. Фасад центральной части по набережной. Утвержденный вариант. Копия с оригинала В. И. Баженова.