Во время настоятельства Федора Петровича была проведена масштабная реставрация храма. В июне 1894 г. церковь Иоанна Предтечи посетил министр финансов С.Ю. Витте. Заметив плачевное состояние храма и оценив его уникальность, он предложил ярославскому губернатору обратиться к императору с просьбой о выделении средств на реставрацию храма. Средства из государственного казначейства были выделены спустя почти 10 лет, в марте 1903 года. В 1906 году реставрация завершилась, храм был восстановлен «во всем древнем благолепии».