В ознаменование важных побед последнего года войны Верховный Совет СССР 9 июня 1945 года учредил медали за освобождение Белграда, Варшавы, Праги и за взятие Будапешта, Кёнигсберга, Вены, Берлина. Интересен тот факт, что в последнем указе есть единственная медаль за взятие не столицы, а главного города Восточной Пруссии. Из чего следует, что советское руководство придавало особое военно-политическое значение штурму «прусской твердыни».
Согласно Положению медалями за взятие городов награждаются непосредственные участники их штурма — военнослужащие Красной армии, Военно-морского флота и войск НКВД, а также организаторы и руководители боевых операций при взятии этих городов. В июле 1945 года Военный совет 3-го Белорусского фронта своим указанием конкретизировал и расширил круг награждаемых.
Медаль надлежало вручать всем военнослужащим и вольнонаёмным, которые состояли в войсках и учреждениях фронта не менее двух месяцев в период с 23 января по 10 апреля 1945 года. А также военнослужащим и вольнонаёмным, получившим ранения или награждённым правительственными наградами, прослужившим в составе фронта в указанный период менее двух месяцев. Соответствующее Положение о порядке вручения утвердил Секретариат Президиума ВС СССР 31 августа 1945 года.
Вручение медали лицам, находившимся в войсковых частях, производилось их командирами, а выбывшим из состава армии и флота, — областными, городскими и районными военными комиссарами по месту жительства награждённых. Ввиду нехватки медалей, при демобилизации и выбытии из состава армии и флота командиры частей и начальники военно-лечебных заведений выдавали справки на право получения медали.
Первые награждения медалью «За взятие Кенигсберга» произошли не ранее июля 1945 года (с учётом времени на чеканку первой партии и доставку в части). Вручению предшествовало составление перечней частей и соединений 2-го и 3-го Белорусских фронтов, Краснознамённого Балтийского флота, войск НКВД, принимавших участие в операции по взятию Кёнигсберга. Списки дополняли и уточняли. 8 июля 1945 года в Оперативное управление Генерального штаба Красной армии представили «Перечень войсковых соединений, частей и учреждений 3-го Белорусского фронта, принимавших участие в штурме города Кёнигсберг и обеспечивавших успех этой операции» в период с 23 января по 10 апреля 1945 года, в который вошло 616 034 человека личного состава.
Помимо боевых подразделений, наградами были удостоены войска, находившиеся в резервах, а также части боевого обеспечения, тыловые части и учреждения. Кроме того, в дополнительный перечень, принятый Генеральным штабом 1 августа 1945 года, была включена 5-я гвардейская танковая армия, оказавшая влияние на общий ход операции благодаря действиям на левом фланге. Получилось дополнительно 288 938 человек личного состава. Таким образом, только на 3-м Белорусском фронте было выявлено 904 972 военнослужащих, достойных награждения медалью «За взятие Кенигсберга».
Открытым остаётся вопрос, какое количество лиц было представлено к награждению Военным Советом 2-го Белорусского фронта, штабом Прибалтийского военного округа по Земландской группе войск, Главным морским штабом по Краснознамённому Балтийскому флоту, штабом 18-й воздушной армии. Удалось установить, что на 25 августа 1945 года для награждения медалью было выявлено 11 815 человек из 69 подразделений КБФ. По данным на 27 ноября 1945 года значится уже 81 подразделение, а за 1946–1947 гг. к ним добавилось ещё. Например, не сразу вошли в перечень три дивизиона базы подводных лодок, экипажи пятнадцати подводных лодок, в том числе «Лембит», С-1321.
