Повесть «Военная тайна» была задумана писателем Аркадием Петровичем Гайдаром летом 1932 года в Хабаровске. Там он работал корреспондентом газеты «Тихоокеанская звезда».

Работу над повестью Аркадий Петрович закончил к осени 1934 года, а сказка о Мальчише-Кибальчише, которая стала частью «Военной тайны», была издана годом раньше. В издательстве «Молодая гвардия» сказка вышла отдельным изданием с рисунками художника и графика Владимира Михайловича Конашевича.

У читателей повесть вызвала большой интерес. Газеты публиковали многочисленные отзывы детей. Откликнулась и литературная и педагогическая критика. В книге было показано начало 1930-х годов: пионерский лагерь на Чёрном море, жизнь пионеров, стройка в горах и отношения между взрослыми людьми. Особенно много отзывов было написано о сказке про Мальчиша-Кибальчиша. Говорили о том, что Аркадий Гайдар написал первую советскую сказку.

Запись из дневника Аркадия Петровича от 21 августа 1934 года:

Однажды Аркадий Петрович был в Ростове-на-Дону, где на встрече с пионерами прочитал им отрывки из новой повести. По приезде в Москву он получил письмо от ростовских пионеров, в котором ребята просили, чтобы Аркадий Петрович изменил конец повести и оставил в живых маленького Альку. Гайдар ответил детям:

В то время счастливая концовка в литературных произведениях, как и в произведении Аркадия Гайдара, почти не рассматривалась.