В экспедициях Н.Л. Гондатти, помимо прочего, занимался сбором различных коллекций: зоологических, ботанических, антропологических, этнографических. Из своей первой экспедиции 1885–1886 гг. по Западной Сибири Николай Львович привез в Москву и передал в различные музеи около тонны собранных им материалов, среди которых были и зоологические. Последние касались «в основном животных, которые использовались местным населением в быту (олени и собаки) и являлись предметом охоты или рыбной ловли».

Сбор и обработка животных — дело крайне непростое и в полевых условиях непосильное для исследователя-любителя. Но в XIX в. в задачи практически каждой экспедиции входило и составление фаунистических коллекций. В крупных экспедициях этим занимались натуралисты-препараторы. Однако Н.Л. Гондатти приходилось все делать самому. В его книжной коллекции сохранилось несколько инструкций и руководств, написанных для естествоиспытателей-любителей. Одно из них — «Книга для экскурсий» К. Глазля, составленная в форме практических советов по препарированию животных, набивке чучел, собиранию и обработке насекомых, растений, минералов и проч.