Осенью 1941 г. он был призван в ряды Красной Армии. В январе — марте 1942 г. служил на Северо-Западном фронте, где получил ранение. И.М. Подкопаев смог вернуться на фронт только к октябрю 1942 г. К этому моменту его воинская часть была передана Донскому фронту. Иван Михеевич служил на Юго-Западном, 3-м Украинском и 1-м Белорусском фронте. В сражениях Великой Отечественной войны он получил три ранения. За мужество и храбрость, проявленные в боях, в 1943 г. он был отмечен двумя медалями «За отвагу». В сентябре 1944 г. приказом по 35-й гвардейской Лозовской Краснознаменной ордена Суворова и Богдана Хмельницкого дивизии И.М. Подкопаев был представлен к ордену Славы III степени.

 
В 1945 г. служил командиром орудия 45-мм пушек 102-го гвардейского Краснознаменного Померанского ордена Кутузова стрелкового полка.

 
Во время уничтожения группировки врага, И.М. Подкопаев проявил исключительную храбрость. Он со своим орудием двигался впереди пехоты и уничтожил 2 пулемета противника, которые мешали продвижению советской пехоты. Когда пришла необходимость гвардии сержант И.М. Подкопаев взял командование взводом на себя, заменив командира. Он поджег самоходку противника и уничтожил до 20 гитлеровцев. Своим личным примером он воодушевлял однополчан на подвиги, был примером мужества и решительности.

 
При прорыве обороны на реке Одер взвод гвардии сержанта И.М. Подкопаева уничтожил пять пулеметных точек и две точки фаустов. В этом бою отважный командир был ранен. Гвардии полковник Казаков, командир 102-го гвардейского стрелкового полка, отмечал, что «Подкопаев — самый храбрый и смелый командир орудия». 31 июля 1945 г. он представил И.М. Подкопаева к ордену Красной Звезды.

 
Однако высшее командование решило иначе. Согласно наградному листу гвардии генерал майор Маслов, командир 35-й стрелковой дивизии, наградил И.М. Подкопаева орденом Отечественной войны II степени. Так 21 августа 1945 г. Иван Михеевич стал кавалером данного ордена.