Свои норы сурки устраивают среди камней очень аккуратно и незаметно: вход в нору всегда находится под крупным камнем, вырытой земли возле него нет, а тропинки малозаметны. Черношапочные сурки живут семьями — обычно семья, занимающая одну систему нор и использующая общую кормовую территорию, включает пару и потомство 2-3 последних лет. Несколько семей, проживающих недалеко друг от друга, образуют колонию — сообщество, которое имеет свою сложную зрительно-звуковую сигнализацию. 

Колонии сурков обычно обитают в системе из 4-5 летних нор, около 10 жировочных (временных) нор и одной зимовочной. Камеры и ходы зимовочной норы располагаются на небольшой глубине, в слое почвы, который промерзает. Чтобы утеплить ее, сурки отделывают стены гнездовой камеры смесью сухой травы и земли. Когда приходят холода, ходы, связанные с гнездовой камерой, конопатятся сухой травой. А со второй половины сентября начинается залегание в спячку. Все члены одного поселения засыпают в гнездовой камере все вместе, плотно прижавшись друг к другу. Если особей в колонии достаточно много, то сурки могут лежать даже в два яруса. Спячка длится 6-7 месяцев и более. 

Пробуждение происходит в мае, хотя снег стаивает только в середине июня. А за 3—4 недели до выхода на поверхность сурки спариваются. В одном выводке бывает в среднем 5—6 сурчат. Питаются сурки в основном растительной пищей — голубикой, брусникой, шикшей, семенами кедрового стланика. Однако весной, чтобы быстрее восстановить растраченные за зиму запасы жира, охотно поедают и животный корм — мелких птиц, млекопитающих, дождевых червей, насекомых.

Выжить в неблагоприятных условиях зверьку помогают и некоторые особенности линьки. Старые волоски выпадают уже после того, как хотя бы немного отрастут новые, так что оголенным тело черношапочного сурка не бывает даже в разгар линьки — это помогает сохранять тепло при низких температурах.