Монастырь основан в 1569 году по приказу царя Ивана Грозного как один из приграничных форпостов Русского царства, в память явления богородичных икон «Умиление» и «Одигитрия» на Синичьей (впоследствии — Святой) горе.

В XVIII веке утратил своё оборонительное значение. При монастыре ежегодно проводились ярмарки, привлекавшие большое количество купцов и народа.

В 1924 году Святогорский мужской монастырь был закрыт большевиками. В годы Великой Отечественной войны здания монастыря серьёзно пострадали, некоторые были разрушены, иные заминированы. К 1949 году большая часть монастырских строений была восстановлена и до 1992 года использовалась как экспозиционная и административная часть Государственного мемориального музея-заповедника А.С. Пушкина. В 1992 году монастырь был возвращён Русской православной церкви. На 2007 год в монастыре проживало 28 монахов и послушников. Монастырь охраняется государством в составе Музея-заповедника А.С. Пушкина.