Комплекс на базе автоматизированной пусковой установки (АПУ) размещается на подвижных носителях либо в стационарных оборонительных объектах, подключенных к источникам электрической энергии.

АПУ «Корнет-ЭМ» легко устанавливается на любой носитель достаточной грузоподъемности, а также на стационарные объекты. При установке двух АПУ на носитель у комплекса появляется новое свойство — возможность одновременного обстрела двух целей, что повышает его скорострельность и огневую производительность. В походном положении АПУ прицельно-пусковой модуль размещается внутри корпуса машины в горизонтальном положении, что не меняет внешнего вида носителя и не позволяет противнику отличить комплекс среди аналогичных машин. Перевод ППМ из походного положения в боевое выполняется автоматически переключением тумблера на пульте оператора. При переводе в боевое положение ППМ поднимается из корпуса машины и фиксируется в вертикальном положении над крышей. ППМ — стойка, на которой закреплены четыре направляющие с готовыми к пуску ракетами, телетепловизионный прицел, имеющий широкопольный и узкопольный каналы дневного видения, реализованные на телевизионных камерах с высоким разрешением, канал ночного видения также с двумя полями зрения: широким и узким, и лазерный дальномер.

Работой АПУ управляет оператор с пассажирского места машины, на котором расположено его рабочее место, состоящее из монитора и пульта — панели управления.