Небольшое примитивное хордовое животное: длина тела взрослых особей достигала от 1,5 до 6 см. Тело пикайи удлинённой формы, округлого сечения в передней части и сжатое с боков в остальных частях. Вдоль брюшной стороны тянулся узкий гребень. Еще один гребень, хотя и не столь высокий, располагался на спинной стороне. Голова была маленькая, подразделенная на две округлые лопасти, на которых имелась пара щупалец.Скорее всего, они выполняли функцию органов обоняния и осязания. У основания головы на ее нижней стороне размещалось ротовое отверстие. Никаких органов, похожих на глаза, не обнаружено. Позади головы по обеим сторонам глотки имелось 9 пар ветвистых придатков, которые трактуются исследователями как наружные жабры.