В 1941 г., попав в плен подвергся тяжелым пыткам, но остался верен присяге. Получил Звание Героя Советского Союза (посмертно). Награждён орденами «Ленина», «Отечественной Войны 1 степени».
«Истекающего кровью, в бессознательном состоянии, его захватили фашисты. Они привели Никонова в чувства и стали выпытывать сведения о численности и расположении советских войск. Его зверски били, кололи штыками. Обозленные стойкостью моряка, фашисты привязали Никонова к дереву и подожгли»: из наградного листа.

Мемориал Е.А. Никонова открыт 9 мая 1979 года в микр. Шлюзовой, на площади его имени. 13 ноября 1958 г. улица переименована в честь Героя Советского Союза Евгения Александровича Никонова.