В 1994 году на реке Иртыш неподалеку от села Уват поисковики обнаружили уникальную окаменелость — лист дерева гинкго, предположительный возраст которого составляет 450 миллионов лет. Экспонат был занесен в Книгу рекордов Тюменской области как древнейшая находка.
Чарльз Дарвин называл гинкго «живым ископаемым». Судя по анализу палеонтологических находок, в меловой период на территории Европы, Азии и Северной Америки произрастало не меньше 11 видов этого дерева, но на сегодняшний день сохранился единственный вид — гинкго билоба, переживший древние катастрофы и перемены климата.
К концу XVII столетия в Европе и Америке растение повсеместно вымерло, но в то же время китайские монахи с 1100 года до нашей эры выращивали его при монастырях.
Из Китая семена были доставлены в Корею и Японию. В 1690–1691 годах врач и ботаник Энгельберт Кемпфер, служивший в голландском посольстве в Японии, исследовал дерево и в 1712 году описал его как гинкго (от японского названия «гиннон»). Спустя два десятилетия семена гинкго удалось доставить в Западную Европу, а в середине века — и в Северную Америку.
В 1771 году естествоиспытатель Карл Линней включил растение во всеобщую классификацию под именем Ginkgo biloba.
Китайцы и японцы называют дерево «серебряным орехом» и «серебряным абрикосом» за семена, внешне напоминающие косточки абрикоса, с маслянистым верхним слоем, твердым средним и бумагообразным внутренним. Их употребляют в пищу как десерт или закуску к саке, используют в медицине. Однако из-за неприятного запаха плодов в Европе предпочитают высаживать только неплодоносящие мужские особи в декоративных целях.
Известны и другие названия. В Китае гинкго называли «утиными лапками» (в японском произношении «итё») за сходство с таковыми двулопастных веерообразных листьев и «дед и внук»: считается, что плоды этого дерева, посаженного дедом, можно будет попробовать только через поколение. До достижения деревом 25–30 лет действительно невозможно даже установить его пол.
В Германии дерево носит имя поэта Иоганна Гёте, посвятившего гинкго билоба стихотворение из цикла «Книга Зулейки».