Идея создания башкирских войсковых формирований зародилась задолго до начала Гражданской войны в России. Еще летом 1917 г. на 1-м Всебашкирском съезде рассматривался данный вопрос. Башкиры в вопросе будущего национального обустройства опирались на богатый опыт прошлого, связанного с многовековой военной службой. Поэтому они считали важным составляющим автономии — национальное войско. Башкирское население направляло ходатайства в Башкирский центральный совет с просьбой о возрождении Башкирского войска, упраздненного во второй половине XIX в.
В декабре 1917 г. 3-й Всебашкирский учредительный съезд принял постановление о создании Башкирского войска, а в январе 1918 г. в Бурзян-Тангауровском кантоне автономии приступили к его реализации. К февралю в Таналыкове-Баймаке был сформирован башкирский отряд численностью 400 человек. Однако в феврале 1918 г. после ареста большевиками Башкирского правительства в г. Оренбург, баймакский башкирский отряд был разгромлен красногвардейским полком, его офицеры расстреляны. Баймакская трагедия, связанная с убийством членов Башкирского правительства, вызвала среди башкирского населения большой резонанс и настроило башкир на решительную борьбу с большевизмом. Летом 1918 г. с падением власти коммунистов на значительной части края Башкирское правительство развернуло масштабную работу по созданию вооруженных сил автономии в лагере антибольшевистских сил. За кратчайший срок в течение лета 1918 г. ему удалось сформировать воинское соединение из шести полков, которое затем было сведено в две пехотные дивизии, позже преобразованное в Отдельный Башкирский корпус. Белое командование не было заинтересовано в принципиальном усилении вооруженных сил Башкирского правительства. В частности, один из лидеров антибольшевистской борьбы в крае оренбургский атаман Дутов всячески противодействовал данному процессу.
В октябре 1918 г. он добился расформирования Башкирского корпуса и передачи башкирских пехотных полков в свое распоряжение. Затем в ноябре 1918 г. Уфимская директория объявила об упразднении Башкирского правительства. Однако башкирское руководство проигнорировало данное решение этого белого правительства. Между тем, колчаковский переворот не оставил каких-либо надежд на национальную самостоятельность башкир в стане белых. В январе 1919 г. Башкирскому правительству удалось вывести из подчинения Дутова свои пехотные полки и вновь восстановить Башкирский корпус.
В конце января 1919 г. башкирские представители в Уфе вступили в переговоры с большевиками. Красная Армия крайне нуждалась в переломе ситуации на Восточном фронте. Поэтому руководство РСФСР фактически незамедлительно согласилось на основные условия Башкирского правительства: признание автономии Башкирии и сохранение башкирских войск. В Соглашении Центральной Советской власти с Башкирским правительством об автономии 20 марта 1919 г. отдельными пунктами были определены статус и состав вооруженных сил Башкирской Советской Республики. В соответствии с ними башкирские войска, перешедшие на сторону Красной Армии, наделялись статусом отдельной боевой единицы РККА — Отдельной Башкирской Красной Армии.
