О ныне действующей Никольской церкви есть не подтвержденное источниками предание, что в прошлом столетии некий зажиточный татарин, переплывая р. Томь, стал тонуть, и закричал: «Русский бог, спаси меня! Построю церковь!». Он доплыл до того места, где сейчас стоит Никольский храм. И свое обещание выполнил — построил храм в честь святителя Николая.

 
Но уже в 1935 году здание Никольской обновленческой церкви приспособили под зерносклад, община распалась в 1938 году, а годом позже церковь была закрыта. Относительно стабильное существование храма началось лишь после Великой Отечественной войны в 1945 году. С 1961 года Никольский собор, после закрытия Знаменской церкви на левом берегу, являлся главным храмом Кемеровского благочиния и единственной церковью в городе, куда могли ходить верующие люди.

 
В 1980 г. вместо деревянного крестильного храма постройки 1945 г. возвели новый каменный в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1982 г. получили разрешение на вторичную реконструкцию храма. Заменили все его деревянные части, потолок сделали железобетонным. Был перестроен алтарь, сооружены восьмигранный купол и невысокая колокольня, сделана новая железная кровля. 

Со стороны р. Томь к зданию храма пристроили веранду для исповеди и панихид. Крестильный храм и притвор Никольского храма расписан монахиней Агнией. Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена за № 1943 от 12 декабря 1987 г. Никольскому храму было присвоено достоинство собора.

 
Как и всякий собор, Никольский храм имеет свои святыни: источник великомученика и целителя Пантелеимона в деревне Красной города Кемерово, икону «Знамение Божией Матери», мощевик 12 апостолов, частицы мощей святителя Иоанна Тобольского, священномученика Владимира митрополита Киевского и Галицкого, святителя Филарета Московского, благоверной Иулиании княжны Ольшанской, святителя Григория Богослова, Тихона Московского, архиепископа Луки Войно-Ясенецкого.