В науку А.Н. Анцыферов пришел не сразу. Сначала он 12 лет работал на государственной службе. И только в возрасте 36 лет Алексей Николаевич полностью посвятил себя науке. В 1902 г. он начал вести преподавательскую деятельность на кафедре политической экономии и статистики юридического факультета Императорского Харьковского университета. Анцыферов преподавал курс статистики, интересовался кооперативным движением. Тема его магистерской диссертации: «Кооперация в сельском хозяйстве Германии и Франции», а докторской: «Центральные банки кооперативного кредита».

 
А.Н. Анцыферов много работал в области развития российской кооперации. Совместно с коллегами им было создано «Положение о кооперативных товариществах и их союзах», которое было утверждено 20 марта 1917 г.

 
Ученый сыграл большую роль в организации Московского народного банка. Это учреждение способствовало развитию кооперативного сельскохозяйственного кредита в России.