В сентябре 1942 года Филипп Антонович Комков был избран заместителем председателя руководящего центра подпольной организации «Николаевский центр».

В конце 1942 года Николаевское гестапо попыталось внедрить в Николаевский центр своего агента В. Круглова. Ф.А. Комков предотвратил ее. Однако начались массовые аресты участников подполья.

4 декабря 1942 г. попав в гестаповскую засаду, раненный Комков решил перебраться в соседний Херсон.Здесь он объединил все действующие подпольные группы и создал Херсоновский центр, наладил связь с типографией и начал выпускать листовки с характерной подписью «Центр».

Долго ходила по пятам Комкова херсонская контрразведка гитлеровцев. В Херсоне была объявлена крупная награда за помощь в поимке «Мишки Меченого». Однако Меченый был неуловим. Наконец в апреле 1943 года гестапо напало на след группы Меченого. Чтобы избежать ареста, он скрылся из города и во главе немногочисленной группы отправился в Знаменские леса на соединение с партизанами Кировоградчины. Однако дойти не удалось. При попытке соединения с партизанами в районе с. Александров подпольщики попали в засаду, были окружены и захвачены в плен. Раненого командира «Мишку Меченого» доставили в николаевскую тюрьму.

Даже пройдя сквозь нечеловеческие пытки, Меченый не сломался. Спустя несколько дней 17 июля 1943 года Ф.А. Комков был расстрелян в подвалах тюрьмы, оставаясь для врагов безвестным командиром подпольщиков Мишкой Меченым. Впрочем, даже для оставшихся в живых членов подпольной организации «Центр» погибший командир оставался «Михаилом» Комковым. Эта путаница в именах впоследствии явилась причиной отказа в присвоении Комкову звания Героя Советского Союза. Только после появления в 1963 году в газете «Омская правда» статьи участника херсонского подполья Цедрика, в которой говорилось о подвиге Филиппа Антоновича Комкова, сотрудниками управления КГБ Омской области была проведена кропотливая работа по восстановлению истины. Были изучены материалы уголовных дел предателя Круглова и конвоира николаевской тюрьмы Скрипкина, опрошены оставшиеся в живых участники николаевского и херсонского подполья. На основе изученных документов следователи пришли к однозначному выводу: Михаил Комков, Мишка Меченый и Филипп Комков — одно и то же лицо.