Командно-штабная машина управления БТР-50ПУ была разработана на Челябинском Кировском заводе на базе плавающего гусеничного бронетранспортера БТР-50П. Внешний вид машины остался в основном тем же, что и у прототипа.

БТР-50ПУ был принят на вооружение в 1958 году. Разработчики предусмотрели штабное отделение со специальной аппаратурой. Оно было приспособлено для работы командира части, трех офицеров штаба и четырех радистов. Броневой корпус машины был разделен на три отделения: управления, штабное и моторно-трансмиссионное.

Бортовые листы корпуса не имели обзорных лючков, а вентиляторы с них перенесли на крышу штабного отделения, задняя стенка которого выполнялась сплошной, без откидного листа. На ней в положении по-походному крепилась телескопическая мачта антенны.

На крыше штабного отделения находилась вращающаяся башенка для кругового обзора с прибором наблюдения ТПКУ-2Б. За ней располагались два посадочных люка с откидными крышками и иллюминатор, который закрывался броневой крышкой. Иллюминатор обеспечивал возможность работы в машине днем без искусственного освещения.

В отделении управления устанавливали три сиденья. Одно было предназначено командиру части (соединения), два других — механику-водителю и штурману. В штабном отделении машины находился узел связи. Он включал в себя комплекс радиорелейных и проводных средств. Для внутренней связи между членами экипажа БТР-50ПУ использовались два комплекта переговорного устройства Р-120.

На машине имелась и навигационная аппаратура: датчик курса, датчик пути ДП и курсопрокладчик КП-2М1. Для обеспечения работы радиостанций и навигационной аппаратуры машина оснащалась четырьмя аккумуляторными батареями, переносным зарядным бензоэлектрическим агрегатом, пятью запасными аккумуляторными батареями.

Командно-штабная машина была оборудована фильтровентиляционной установкой, термодымовой аппаратурой, автоматической системой пожаротушения и отопителем штабного отделения. В средней части штабного отделения устанавливался раздвижной стол для работы с картами.

Вместимость БТР-50ПУ составляла девять человек. Командно-штабная машина БТР-50ПУ впоследствии неоднократно модернизировалась, в основном за счет изменения состава оборудования, что привело к появлению в войсках машин БТР-50ПУМ и БТР-50ПУМ1.