Конфликт между царем и патриархом тянулся 8 лет. Никон жил в основном в Новом Иерусалиме, на месте руководя строительством монастыря. Восьмилетнее пребывание патриарха в монастыре закончилось в конце
Этот драматический эпизод истории русской церкви воспроизвел на своей картине художник Сергей Милорадович. Вселенские патриархи изображены слева, сидящими на своих тронах. В центре зала в архиерейской мантии и черном клобуке с жемчужным серафимом стоит Никон, трона ему не поставили и он не захотел сесть среди прочих русских иерархов и все заседание провел стоя. Художник изобразил момент, когда Никону зачитывают «Соборное деяние», то есть приговор.
Подтвердив все основные церковные установления Никона, то есть исправление богослужебных книг и обрядов по греческому образцу, собор самого его низложил с патриаршего престола, обвинив в том, что он, пастырь, покинул свою паству. Особым пунктом обвинения было строительство Нового Иерусалима. Собор счел эту идею противоречащей церковным канонам. Никон пытался защитить свое любимое детище, он доказывал, что это икона Святой Земли, что это так же не противоречит канонам, как и любое копирование образов. Однако его доводы не были приняты, и собор запретил именовать Воскресенский монастырь Новым Иерусалимом. Патриарх Никон провел последние годы жизни в ссылке, в Ферапонтовом, а с
После смерти царя Алексея Михайловича опала с Никона была снята.
Царь Федор Алексеевич разрешил ему вернуться в Воскресенский монастырь и жить в статусе «патриарха на покое», но Никон умер по дороге. Его тело привезли в Новый Иерусалим и похоронили в Воскресенском соборе.
