Родился 8 ноября 1770 г. в Северной Эстонии в дворянской семье. Окончил Морской кадетский корпус в Кронштадте, участвовал в ряде морских сражений. В 1793 г. вместе со своим будущим напарником по кругосветному путешествию Ю. Лисянским был послан для изучения морского искусства в Англию. В 1802 г. император утвердил проект главного правления Русско-Американской компании о Первой русской кругосветной экспедиции, поставив во главе И.Ф. Крузенштерна.

7 августа 1803 г. два шлюпа «Надежда» (командир корабля И. Крузенштерн) и «Нева» (командир корабля Ю. Лисянский), отплыли из Кронштадта. Экспедиция направилась через Атлантический океан в Тихий. Из русских и соседних с ними земель на севере Тихого океана она обратила особенное внимание на Камчатку, Курильские острова и Сахалин. По возвращении в 1806 г. И. Крузенштерн подробно описал ход экспедиции и предоставил уникальные карты. В 1811 г. Крузенштерн был назначен инспектором Морского кадетского корпуса, а через 16 лет стал его директором.