Однажды святитель Фотий, митрополит Московский, посетил Симонов монастырь и, после молебна, преподав благословение архимандриту и братии, пожелал благословить иноков, исполнявших послушание на монастырских работах. Когда он пришел в пекарню, то увидел уснувшего от многих трудов инока Иону, правая рука утомленного инока была согнута в благословляющем жесте. Святитель Фотий просил не будить его, благословил спящего инока и пророчески предсказал присутствовавшим, что этот монах будет великим святителем Русской Церкви и многих наставит на путь спасения. 

Предсказание Святителя исполнилось. Через несколько лет святитель Иона был поставлен епископом Рязани и Мурома. В 1431 г. скончался святитель Фотий. Через пять лет после его смерти за добродетельную и святую жизнь митрополитом Всероссийским был избран святитель Иона. Когда новоизбранный митрополит отправился к Патриарху Иосифу II (1416 — 1439) в Константинополь, чтобы принять поставление на митрополию, то оказалось, что незадолго до того зломудренный Исидор, по происхождению болгарин, уже был посвящен на русскую митрополию. 

Недолго пробыв в Киеве и Москве, Исидор отправился на Флорентийский собор (1438), где принял унию. Собор русских архиереев и духовенства низложил митрополита Исидора, и тот вынужден был тайно бежать в Рим (где умер в 1462 году). На Всероссийскую митрополию единодушно был избран святитель Иона. Посвящение его по благословению Константинопольского Патриарха Григория III (1445 — 1450) впервые совершено русскими архиереями в Москве. 15 декабря 1448 года святитель Иона вступил на Митрополию и с архипастырской ревностью стал утверждать благочестие среди пасомых, словом и делом укрепляя православную веру в стране. 

При своем высоком сане он по-прежнему не оставлял личных монашеских подвигов. Блаженная кончина святителя Ионы последовала в 1461 году. При гробе Святителя стали совершаться многочисленные исцеления.