В это время в университете активно развивалась археологическая наука. В Иркутске жили и работали известные советские археологи Бернгард Петри, Алексей Окладников и Михаил Герасимов. С Герасимовым Медведев работал больше всего и говорил, что тот «вложил колоссальное количество начал (именно начал) в мою дальнейшую жизнь и работу».
В 1968 году Герман Медведев защитил кандидатскую диссертацию по теме «Мезолит Верхнего Приангарья», в которой предположил, как выглядела жизнь в эпоху мезолита в Сибири. В 1984 году археолог стал доктором исторических наук.
Вплоть до 2015 года Герман Медведев преподавал в Иркутском государственном университете. Под его руководством там открыли археологическую лабораторию и кафедру археологии, этнологии и истории древнего мира, а позже основали научно-исследовательский центр «Байкальский регион».
За время работы Медведев опубликовал более 145 научных работ в России и за рубежом. Среди его основных достижений — археологические исследования, кроме того, он открыл важные палеолитические комплексы и пересмотрел хронологию сибирского палеолита — предложил концепцию развития древних культур Сибири с течением времени.