К началу Великой Отечественной войны он служил старшим оперуполномоченным. В 1941 г., когда назрела угроза оккупации, был оставлен для организации работы в тылу врага. Ф.Н. Донцов возглавлял партизанский отряд «Литер «Б».

 
Когда немецко-фашистские захватчики вышли на след партизан, бойцы стали прорываться к линии фронта. Преследуемый карателями отряд потерял много бойцов. На некоторое время Ф.Н. Донцову удалось скрыться от фашистов и продолжить свой путь на передовую. В Старом Осколе партизан получил медицинскую помощь и какое-то время был на лечении. Когда рана зажила он снова двинулся к линии фронта на Дон, но к концу 1942 г. на территории Гремяченского района Воронежской области Ф.Н. Донцов был схвачен и оправлен в лагерь для военнопленных.

 
В фашистских концлагерях на территории Германии и Австрии он находился до 6 мая 1945 г. После этого Ф.Н. Донцов работал над захваченной картотекой канцелярии штаба СС, где выявил 380 изменников Родины.