Фердинанд II обучался в Ингольштадтском университете, где преподавали иезуиты. С ранних лет и до самой смерти Фердинанд позиционировал себя воином католической веры, предназначенным от Бога восстановить её каноническое учение.

Едва приняв власть, молодой император начал процесс насильственной рекатолизации, направленный на преследование протестантов и возрождение гегемонии римско-католической церкви. Всем, кто не желал менять вероисповедание, Фердинанд предписал покинуть страну. Подобно своему дяде Филиппу II Испанскому, Фердинанд любил повторять слова: «Лучше пустыня, нежели страна, населенная еретиками». Через несколько лет в австрийских владениях, где прежде половина населения состояла из лютеран и кальвинистов, не осталось ни одной протестантской церкви.

Главной чертой его натуры была фанатичная приверженность католической церкви, которой он готов был служить и словом, и мечом. Иезуиты имели на него огромное влияние. Двое из них всегда находились в его прихожей и имели право входить к нему во всякое время, даже ночью, для совета и назидания.