Его тело состоит из трех отделов — головы, груди и брюшка. Дыхание осуществляется всей поверхностью тела. На голове находится ротовой аппарат, простые глаза и две пары антенн. На груди расположены главные плавательные ноги рачка — уплощенные и похожие на весла, за что он и получил свое название «веслоногий». Эпишура является фильтратором по типу своего питания. При рассмотрении ее ротового аппарата под микроскопом можно видеть ажурное хитросплетение многочисленных перистых щетинок, образующих ловчую сеть, в которой запутываются бактерии, водоросли, инфузории. За сутки рачок способен профильтровать около одного стакана воды, участвуя тем самым в очищении байкальских вод.

Этот рачок также потребляет основную массу байкальских водорослей и является важным объектом питания байкальского омуля. Самка эпишуры откладывает яйца в 1 яйцевой мешок и вынашивает их. В мешке бывают от 7 до 60 яиц одинаковой степени зрелости. Мешок непрочный, при незначительном внешнем раздражении самка разрывает его. Выпавшие яйца продолжают своё развитие в воде, поэтому в составе байкальского планктона часто встречаются одиночные яйца этого рачка с развивающимися внутри эмбрионами. Эпишура, как и все веслоногие рачки, в процессе своего развития проходит 12 стадий развития. Переход рачков из одной стадии в другую сопровождается линькой. Во взрослом состоянии эпишура не растет. В любое время года в планктоне Байкала можно встретить все возрастные группы эпишуры, что создает впечатление о её непрерывном размножении.