История создания учебно-научного музея Дальневосточного федерального университета имеет вековую давность и начинает свой отсчет с Восточного института. Примером музейной деятельности, которая велась в то время, являются этнографическая коллекция и коллекция оружия, собранные директором Восточного института, китаеведом Аполлинарием Васильевичем Рудаковым.
С восстановлением в 1956 году Дальневосточного государственного университета музейная деятельность развивается по факультетам. При кафедрах возникают лаборатории-музеи, которые создают отдельные энтузиасты. В июле 1957 года заведующий кафедрой зоологии ДВГУ Петр Григорьевич Ошмарин, который был инициатором создания Зоологического музея, возглавил первый экспедиционный отряд на оз. Ханка для сбора учебного материала и коллекции, которая положила начало комплектованию будущих коллекций музея.
В первой половине 70-х годов на историческом факультете университета по инициативе доцента Давида Лазаревича Бродянского создается Археологический музей, который пополняется уникальными экспонатами от палеолита до средневековья из раскопок на территории Приморья, собираемыми во время археологических экспедиций преподавателями и студентами факультета. В эти же годы на историческом факультете кандидатом исторических наук Эмилией Николаевной Осокиной создается Этнографический музей.
Основу Этнографического музея составили коллекции предметов переселенцев и удэгейцев: одежда, предметы культа, предметы труда и быта, фотографический материал, записи рассказов первых переселенцев. Со временем Археологический и Этнографический музеи были реорганизованы в факультетский Музей археологии и этнографии.
На факультетах и кафедрах имелось большое количество предметов, которые отражали историю становления и развития университета. В фондах университетской библиотеки, в отделе редкой книги имелись уникальные рукописные и печатные издания, которые раскрывают историю становления книжного дела в Европе и России, являются шедеврами мировой культуры. Сбор музейных предметов, формирование коллекций становятся в университете профессиональной деятельностью. В основном материал для музея собирался в научных и учебных экспедициях.
Таким образом, в Дальневосточном государственном университете имелись все предпосылки создания учебно-научного музея, как единого специализированного института. В начале 1998 года принимается решение создать Научный музей, в котором должны быть представлены Музей истории университета, Зоологический музей, Музей истории и этнографии, Музей редкой книги с читальным залом, Ботаническая коллекция. Это создавало уникальную многопрофильность учебно-научного музея, которая свойственна ДВФУ как классическому университету.
Для создания комплексного музея было выделено здание, построенное в конце 30-х годов, которое само является памятником архитектуры. Здесь в прошлые времена размещался Учительский институт, Педагогический институт, а с 1956 г. — восстановленный по решению Совета Министров СССР Дальневосточный государственный университет. После реставрации здания Учебно-научный музей ДВГУ со своими подразделениями: Музеем истории ДВГУ, Музеем археологии и этнографии, Зоологическим музеем, Музеем редкой книги, Ботанической коллекцией разместился на трех этажах общей площадью 1980 кв. м.
Учебно-научный музей был открыт 20 октября 1999 года в канун 100-летия Дальневосточного государственного университета. Открытие музея явилось значительной вехой в истории университета и в истории города Владивостока.
