История Ханымейского музея начинается 6 декабря 1999 года, когда был подписан приказ главы администрации п. Ханымей о создании отделения «Музееведения» на базе Детской Школы Искусств. Большую роль в создании и становлении музея сыграл Глава Администрации Иван Леонидович Кононенко.
С 1 января 2001 года музей был преобразован в историко-краеведческий музей п.Ханымей.
С 1 января 2001 года музей был преобразован в историко-краеведческий музей п.Ханымей.