«Когда-то очень давно, в старые времена, на берегах Эмдера стоял славный богатырский город с тем же названием. В нем жили пятеро братьев-богатырей…» — так начинается былина о богатырях древнего Эмдера. Историю древнего княжества расскажет основная экспозиция Музейно-культурного Центра, в запасниках которого более 12 тысяч предметов археологии. Вся коллекция предметов была найдена на берегу реки Ендырь, там, где располагалась «сибирская Троя» — древний Эмдер.
Основная экспозиция музея «Из глубины веков» состоит из нескольких разделов: палеонтология, археология, этнография, история города. Выставка рассказывает историю земли, на которой стоит город Нягань, с пермского периода (например, в палеонтологическом разделе выставлены окаменелые остатки морских обитателей, найденные на территории города) и до нынешних дней (дополнительно — фотоархив «История г. Нягани»). Отдельного упоминания заслуживают макет «сибирской Трои» — Эмдера, столицы Эмдерского княжества, и макет Свято-Троицкой церкви Кодского монастыря — миссионерского центра Сибири.
