Археологическая коллекция сформировалась в 1980-х годах XX века, когда на территории Шарыповского муниципального округа проводились раскопки археологических памятников Сибирской археологической экспедицией Института истории материальной культуры СССР из г. Ленинград под руководством начальника экспедиции кандидата исторических наук Э.Б. Вадецкой, и начальником отряда А.В. Субботина.
Всего археологическая коллекция насчитывает более 1800 музейных предметов. Эта коллекция включает в себя находки с территории Шарыповского округа — от верхнего палеолита до Енисейских кыргызов. Каменный век представлен скребками, скреблами, проколками, нуклеусами, резцами и другими предметами. Эпоху раннего металла представляют каменные наконечники стрел, роговые изделия. Бронзовый век представляет глиняная посуда, изделия из камня и кости, оружия из бронзы с курганов, стоянок, поселений. В эпоху железа люди использовали астрагалы, предметы из железа: ножи, кинжалы, керамическую посуду. Гунно — сарматское время представлено железными наконечниками стрел, керамическими сосудами с орнаментом в виде «уточки», костяными лощилами, пряжками. Средневековье отмечено керамикой с пальцевыми защипами и орнаментом, нанесенным вращающимся валиком, наконечниками стрел.
