Николай Ядринцев родился 18 октября 1842 года в Омске в купеческой семье, учился в Томской гимназии, затем уехал в Петербург, где стал вольнослушателем Санкт-Петербургского государственного университета.
В Санкт-Петербурге он познакомился с этнографом Григорием Потаниным. По их инициативе было образовано землячество студентов-сибиряков. На собраниях молодые люди говорили о необходимости изучать свой край, о составлении библиографии сибирских книг, о будущих сибирских журналах и газетах. Николай Ядринцев выступал за необходимость открытия университета в Сибири. Скоро молодой публицист вернулся обратно в Омск.

Весной 1865 года в Сибирском кадетском корпусе у младшего брата казачьего офицера Федора Николаевича Усова была найдена прокламация «Патриотам Сибири». Было возбуждено «дело о злонамеренных действиях некоторых молодых людей, стремившихся к ниспровержению существующего в Сибири порядка управления и к отделению ее от империи», по которому Ядринцев в числе многих был арестован и направлен в Омск. Годы, проведенные в омском остроге, «сепаратисты» максимально использовали для изучения истории Сибири. Им удалось добиться разрешения разбирать областной архив. В результате Ядринцев написал статью о положении женщин в Сибири в XVII–XVIIIстолетиях, собрал материал о ссыльных и бродягах для книги «Русская община в тюрьме и ссылке», занялся этнографическими работами.

 
После окончания ссылки Ядринцев поступил на службу в Главное управление Западной Сибири по приглашению генерал-губернатора Николая Казнакова. В 1870–1880-е годы он активно публиковал статьи по самых больным проблемам Сибири, занимался научными изысканиями, отправлялся в многочисленные экспедиции. Николай Ядринцев был одним из инициаторов образования Западно-Сибирского отдела Императорского Русского географического общества в 1877 году. В 1894 году в Барнауле Ядринцев скончался. На его могиле в 1900 году на пожертвования был установлен памятник с надписью: «Сибиряки — писателю-публицисту Сибири».