Работа над картиной продолжалась четыре года. В 1898 году Суриков ездил в Швейцарию на этюды. Его целью было окончить произведение к юбилею перехода через Альпы, который отмечали в 1899 г. Сам переход русских войск генерал-фельдмаршала Суворова из Северной Италии через Альпы в Швейцарию состоялся во время войны второй антифранцузской коалиции. За эту операцию Суворов получил от Павла I звание генералиссимуса, а принимавший участие в походе великий князь Константин Павлович — титул цесаревича. Изображенная на картине сцена, скорее всего, относится к окончанию альпийской эпопеи, переходу через Паникс, когда суворовская армия уже спускалась с гор.

По признанию Сурикова, к этой теме он решил обратиться после того, как в Красноярске встретил человека, внешне похожего на Суворова. Современники, правда, выдвинули еще одну версию, что прототипом Суворова был преподаватель пения Красноярской мужской гимназии Григорий Смирнов. Кроме внешнего сходства, у него была еще и белая лошадь, как и изображенная на картине под Суворовым.

Но сам художник позже вспоминал: «Суворов у меня с одного казачьего офицера прописан. Он и теперь еще жив, ему под девяносто лет. Но главное у меня в картине — движение. Храбрость беззаветная — покорные слову полководца идут. Толстой очень против этого был».

Суриков сам лично проходил пешком Сен-Гетардский перевал, чтобы вживую увидеть путь Суворовской армии. Тем не менее, художник пренебрег некоторыми историческими деталями. За ошибки Сурикова укорял художник-баталист и знаток военного дела Василий Верещагин. Например, солдаты не могли съезжать с горы с оголенными штыками, а конь не стал бы подходить так близко к пропасти.

Картина «Переход Суворова через Альпы» выставлялась в Санкт-Петербурге, Москве и была приобретена императором Николаем II. Сейчас оригинал полотна экспонируется в Государственном Русском Музее в Санкт-Петербурге. В экспозиции Калужского музея изобразительных искусств представлен эскиз одного из солдат.