Идея создания музея Толстого возникла еще в 1908 году, при жизни Льва Николаевича, во время празднования его 80-летнего юбилея. Но воплощение она получила в 1910 году. Большую роль в создании музея сыграли Толстовское общество и Всероссийский съезд писателей, состоявшийся летом 1908 года. Созданию музея предшествовала «Выставка для устройства музея Толстого».

Выставку открыли в марте 1911 года в залах Театрального клуба на Литейном проспекте в Петербурге. Она имела большой успех. Официально петербургский толстовский музей начал свою работу 27 марта того же года. Коллекция формировалась за счет даров и пожертвований. Музей неоднократно менял свое местонахождение. С 1912 года он находился по адресу Большой проспект Васильевского острова, дом 6/13. После революции, в 1919 году, музей был включен в систему учреждений Академии наук, а Общество толстовского музея прекратило существование. Образованный на частные средства музей стал государственным. Это решение позволило сохранить коллекцию.

Но, отпраздновав 100-летний юбилей Толстого, ленинградский музей писателя был закрыт. Было принято решение о слиянии ленинградского музея Толстого с Пушкинским Домом. Коллекция музея была поделена. В Ленинграде осталась коллекция портретов, фотографий, личные вещи и документы, а рукописи писателя были переданы в Москву. Причиной разделения коллекции было решение партии и правительства о том, что столицей пушкиноведения будет Ленинград, а столицей толстоведения — Москва.

Известно, что Толстой не любил Петербург. Но когда еще юный Лев Николаевич впервые прибыл в столицу, он объявил, что останется здесь навсегда. «Серёжа! Я пишу тебе это письмо из Петербурга, где я и намерен остаться навеки», — так начинается письмо, которое писатель отправил своему брату Сергею 13 февраля 1849 года. Свое стремление Толстой объяснял тем, что встретил в городе больше знакомых, чем в Москве, «и достоинством выше». Но уже спустя несколько месяцев он разочаровался в городе на Неве: