В 1943 году при отступлении немецко-фашистские оккупанты уничтожили железнодорожный узел, взорвали производственные здания и агрегаты. После освобождения Белгорода от немецко-фашистских захватчиков, рабочие увидели не месте депо пустые помещения, без оборудования, без окон и дверей. На восстановление разрушенного депо потребовалось много сил. В те дни высокий трудовой порыв царил в ремонтных цехах депо. Люди отказывали себе в отдыхе, сутками не уходили с работы, лишь бы быстрее выдать на линию отремонтированный паровоз. Восстановлению не подлежало и здание вокзала, в связи с чем оно было разобрано. Под вокзал в 1943 году был временно приспособлен дом на углу Вокзальной площади и улицы Будённого (ныне проспект Славы).

 
25 октября 1943 года около 6 часов фашистская авиация бомбила железнодорожный вокзал, в результате чего загорелись вагоны с военными грузами и множеством цистерн с горючим. Пожар удалось погасить, однако из-за взрывов цистерн и разлива пылающего бензина по путям заживо сгорели более ста железнодорожников, среди которых 12 девушек-пожарных из команды бойцов пожарного поезда. Нарком путей сообщения объявил благодарность и наградил многих железнодорожников за мужество и героизм, проявленные при тушении пожара.

 
В 1946 году на фундаменте старого разрушенного железнодорожного вокзала началось строительство нового вокзала по проекту харьковского архитектора М.С. Луцкого.