В 1690 году в Белгороде был заложен каменный Свято-Троицкий собор. Собор был построен в 1707 году и в этом же году освящен митрополитом Иустином. Кроме главного алтаря, в соборе было два придела. Южный — в честь Успения Пресвятой Богородицы, построенный в 1750 году при епископе Иоасафе (Горленко). В юго-западной стороне собора находился второй придел — во имя Страшного Суда Божьего. Он был построен над склепом, в котором до 4 сентября 1911 года стоял гроб с мощами Святителя Иоасафа, по его завещанию и на деньги родного брата, полтавского полковника Андрея Андреевича Горленко.
Свято-Троицкий собор представлял собой красивое крестообразное здание по 15 саженей (32 м) в длину и ширину и 20 саженей (42,67 м) в высоту. Над серединой храмового здания возвышался огромный купол с прорезанными в нем вместо окон нишами, в которых были установлены изображения двенадцати апостолов, и с четырьмя меньшими куполами.
К юго-востоку от Свято-Троицкого собора, в монастырской ограде, находилась каменная Знаменская церковь с деревянным сводом. Построение ее было вызвано необходимостью иметь в монастыре вместительную теплую церковь. Сюда же ходили к богослужению и воспитанники семинарии, располагавшейся напротив монастыря и не имевшей собственной домовой церкви. Знаменская церковь была построена и освящена 10 ноября 1835 года при настоятеле Елпидифоре (Бенедиктове). В ней было два престола: главный — во имя Знамения Пресвятой Богородицы — и южный придел во имя Св. Николая.