Эйзенштейн хоть и скрупулезно изучил исторические источники, но был далек от дотошного подражания им. Он стремился прежде всего создать выразительный образ Самодержца: показать, как ничем не ограниченная власть неминуемо разрушает государя и государство. По выражению известного киноведа Леонида Козлова, этот фильм Эйзенштейна — «не столько история, сколько теория самодержавной власти». В этом смысле фильм вышел за рамки XVI века и за границы России. 

Готовясь к фильму, Эйзенштейн нарисовал сотни эскизов к разным ситуациям сценария, в которых менялся облик Грозного. Запуганный боярами подросток становился романтичным юношей, который возложил на себя шапку Мономаха «ради Русского царства великого» и окончательно освободил Москву от татаро-монгольского ига. Его фатально меняют подозрительность, жестокость, безнаказанность. Некоторые историки упрекали режиссера в отступлении от известных науке фактов, но Эйзенштейн был убежден, что искусство — не иллюстрация учебника истории, а путь эмоционально пережить и через ёмкие образы понять смысл исторических процессов и личностей. Именно такого принципа придерживался Александр Пушкин: в трагедии «Борис Годунов» он образно воплотил неизбежные душевные муки правителя, на совести которого пролитая кровь, хотя, возможно, реальный царь Борис не был виновен в гибели царевича Дмитрия. Он создал также убедительный образ Сальери как грешного завистника, хотя реальный композитор не отравлял Моцарта. Сергей Эйзенштейн в своем фильме о царе Иване сознательно следовал пушкинской традиции.